依據臺灣大學神經生物與認知科學研究中心組織章程（96年3月13日第二次中心業務會議討論通過）與設置要點（98年01月13日第2558次行政會議及106年01月10日第2934次行政會議修正通過），本中心設諮詢委員會，置委員七至十一人，由學術副校長為當然委員並兼召集人。本中心置主任一名，綜理中心各項業務，並設置副主任三名襄助教學、研究、與服務等各項業務之推動。中心下設教學小組，研究小組、核心實驗室小組，國際交流小組與策略發展小組等常設小組。中心組織架構簡圖請參閱下方圖示。